دکتر نیما اختردانش پزشک عمومی و کارشناس ارشد مدیریت فن آوری اطلاعات سلامت پس از یک دهه کار کردن در حوزه انفورماتیک پزشکی (medical informatics) برای من و بسیاری از کارشناسان و متخصصان این حوزه واضح است که یک سردرگمی و اختلاف نظر در بیمارستانها، صنعت و بطور کلی نزد عموم در خصوص اینکه انفورماتیک پزشکی چیست و متخصصین این حوزه دقیقاً چه می کنند ( و اگر فرصت داشته باشند چه می توانند بکنند) وجود دارد. البته به همین ترتیب سردرگمی در این که انفورماتیک پزشکی چه نیست هم دیده می شود. حجم اطلاعات در دسترس در بیشتر حوزه های موضوعی (دامنه ها) در دهه های اخیر به شدت رشد داشته است. مقولات مرتبط با اطلاعات و کاربرد آن کاملاً پیچیده شده است و خود این مقوله نیاز به مطالعه علمی دارد.

در واقع انفورماتیک دانش اطلاعات است. به عبارت دیگر انفورماتیک یک رشته علمی است که به مطالعه اطلاعات و کاربردهای آن می پردازد. هر دو جنبه تئوریک و عملی این قضیه مطالعه می شود. مثال هایی از جنبه های تئوریک عبارتند از ترمینولوژی، سمانتیک (معناشناسی)، ارتباطات داده ای و نگاشت اطلاعات (ترجمه). مقولات عملی و کاربردی شامل برداشت اطلاعات، ایندکس گذاری، بازیابی، تجزیه و تحلیل و انتشار اطلاعات است. انفورماتیک پزشکی یک زیرشاخه از علم انفورماتیک است که بطور تخصصی به مطالعه این مقولات اطلاعاتی در دامنه پزشکی می پردازد.
علیرغم اینکه کامپیوترها، ابزار و آلاتی عالی برای کار انفورماتیک پزشکی هستند، معرف این فیلد نیستند و نه اینکه حتی در امر انفورماتیک پزشکی ضروری باشند. این کمک می کند که یک اشتباه در فهم رایج از این رشته را روشن کنیم. انفورماتیک پزشکی، معادل "کامپیوتردر پزشکی" نیست. استفاده از کامپیوتر در برخی حوزه های پزشکی مثلاً برپایی یک وب سایت در برخی مقولات پزشکی یا راه اندازی یک بخش سیستم اطلاعات مدیریت در بیمارستان الزاماً یک فرد را عالم انفورماتیک پزشکی (medical informaticist) نمی کند.

علی ایحال اکثر تحصیلکردگان رشته انفورماتیک پزشکی، هم دانش بالینی و هم دانش و تجربه قابل توجه در علوم کامپیوتر دارند. این یک پس زمینه کاری ایده آل برای کسی است که هدایت پروژه های کامپیوتری در حوزه های بالینی را بر عهده دارد (مثلاً پرونده الکترونیک پزشکی، ثبت کامپیوتری دستورات پزشک و سیستم های (پشتیبان تصمیم) یادآور یا هشداردهنده پزشکی)

بسیاری از رشته ها از جمله انفورماتیک، یک بخش علوم پایه و یک بخش کاربردی دارند مثل آنچه در فیزیک، بیولوژی، شیمی، ریاضیات و علوم کامپیوتر می بینیم. بخش علوم پایه، به تشریح ساختار، اصول و فن آوری های پایه در این رشته می پردازد و بخش مهندسی آن بدنبال سنتز و بکارگیری این اصول در کاربردهای جهان واقعی است. از این رو برای شکستن اهداف درازمدت انفورماتیک پزشکی تقسیم این اهداف به اهداف علمی و مهندسی است. با این وجود انفورماتیک پزشکی در محل تلاقی علوم کامپیوتر و کاربردهای آنها در پزشکی نشسته است و سوال اینجاست که با تقسیم بندی قبلی به علمی و مهندسی آیا منظور ما از اهداف این رشته،اهداف مرتبط با علوم کامپیوتر (با زیر شاخه های سیستم های توزیع شده، پایگاههای داده، مواجهه ها و تعاملات انسان - کامپیوتر ، سیستن های حبره، تئوری محاسبات و مثال هایی از این قبیل) یا اهداف مرتبط با پزشکی (با زیرشاخه های آن از جمله جنبه های مختلف مراقبت های بالینی، پژوهش های بالینی، پژوهش های علمی بیولوژیک و آموزش) است؟ پاسخ این است که هردو، و شاید بهتر است بگوییم ما نیاز به یک ماتریکس داریم که در آن یک محور، نشانگر کاربردهای پزشکی و دیگری تکنولوژی های علوم کامپیوتر است و در هر مقطع مشترک بایستی به تفصیل نیازهای کاربردی، تأثیرات برنامه ها، فرصت ها و ایده های تکنولوژیک مرتبط و نیز ریسک تکنولوژیک را تشریح کرد.